สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดสมุทรสงคราม ถูกจัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2545 ตามพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการ ให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวง กรม พ.ศ.2545 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ.2545